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本神社は元鹽竃神社に鎮座せられ、只州宮と称し元禄年間該神社造替の節、今の地に鎮座され伊達藩の崇敬篤き社であった。

元禄8年10月13日伊達綱村公の命により「只州の御社を別所に奉還すべき」とその社家鎌田信濃守に申しわたし11月13日には新しい御遷座の地を選ぶべく、御社くじを占し、現在の古内村を御社地と選定し、先ず下賀茂神社の御社を元禄9年2月29日着工、同年9月23日に鹽竃より正遷座の儀を行い、「御祖（みおや）神社」として奉斎した。

同年10月14日上賀茂神社の棟上げ、翌元禄10年正月29日には上賀茂社の正遷座の儀を行い「別雷（わけいかずち）神社」として奉斎する。神社所傳の御棟札は元禄9年（1696年）と翌10年（1697年）の物二体にして神社所有唯一の至寶である。

社殿は二社並立南面し、屋根茅葺、向拝一間、切妻造一間社流造で石造亀腹の上に立つ。総体を京都の御本体の丹塗りにならい、紅殻塗りとし、正面両開き唐戸をつり、三方回縁、これに和称の宝珠柱と欄干をつけ、屋根箱棟の立引両紋彫刻は伊達家の造営を示し、向拝の虹梁上には下賀茂神社には雌鶏、上賀茂神社には雄鶏の彫刻を入れた蟇股を上げ、切妻破風は虹梁太瓶束式で左右に雄大な唐草模様の彫刻をつけ、一部補修の他は旧態を残し、江戸中期の堅実な作風を示した県内稀に見る建築である。

昭和39年9月4日に、「本殿2棟・棟札2体」は宮城県指定の重要文化財に指定される。

又、神社正面大鳥居脇「いろはもみじ2本」と、上賀茂神社本殿前の「タラヨウ1本」も平成11年7月2日に宮城県指定の天然記念物に指定される。